クリニックの売却相場と価格算定｜時価純資産＋年買法【京都】

クリニックを売却するなら、自分のクリニックはいくらで売れるのか——。M&Aを検討し始めた院長が最初に知りたいのが、この「売却価格の相場」です。

結論からお伝えすると、クリニックの売却価格は一般的に「時価純資産＋営業利益の2〜3年分（のれん）」で算定されます。中小企業M&Aの標準的な手法（年買法・年倍法）で、クリニックにも当てはめられる考え方です。

本記事では、京都で小規模M&Aを支援する中小企業診断士・事業承継士が、クリニックの売却価格の算定方法、相場の目安、評価が高くなる/低くなるポイントを解説します。

クリニックの売却価格の算定方法

クリニックの売却価格は、次の2つの要素で構成されます。

時価純資産：医療機器・備品・現預金などの資産から、借入・リース残債などの負債を差し引いた額。「現時点で持っているモノの価値」
のれん：年間営業利益（または役員報酬調整後利益）の2〜3年分。「これから生み出す利益の価値」

この2つを足したものが、おおよその売却価格目安になります。

計算例：年商5,000万円・営業利益500万円の小規模クリニック

時価純資産：医療機器1,500万円＋現預金1,000万円−リース残債500万円＝2,000万円
のれん：営業利益500万円×3年＝1,500万円
合計売却価格：3,500万円

これが基本的な考え方です。実際には立地・患者基盤・スタッフの継続有無・買い手との交渉力などで上下します。

クリニック売却価格の相場目安

規模・診療科目別のおおよその目安は次のとおりです。

小規模クリニック（年商3,000〜5,000万円）：1,500〜4,000万円
中規模クリニック（年商5,000万〜1億円）：3,000万〜8,000万円
医療法人（年商1〜3億円）：5,000万〜2億円超

診療科別の傾向：

内科：慢性疾患の固定患者が評価される。在宅医療を行っているクリニックは特に評価が高い
整形外科：リハビリ施設・医療機器投資が大きく、固定資産の比重が高い。設備込みでの評価がメイン
耳鼻咽喉科：花粉症・アレルギー患者の季節需要が安定。患者数の安定性が評価される
皮膚科：保険診療＋自費診療（美容皮膚科等）の構成比で評価が大きく変わる。自費比率が高いほどのれんが大きく出やすい
眼科：レーシック・白内障手術機器を持つクリニックは特殊評価。買い手は限定されるが価格は高めになる傾向
小児科：地域の固定患者が中心。少子化の影響で慎重に評価されるが、立地次第で安定評価

ただし上記はあくまで目安です。実際の評価は個別事情に大きく左右されます。

売却価格を上げる評価ポイント

同じ年商・営業利益でも、次のポイントを満たすと売却価格は高くなります。

固定患者の比率が高い：定期通院の慢性疾患患者・在宅医療患者の割合。リピート率の高さは「のれん」を大きくする
訪問診療・在宅医療の患者基盤がある：在宅医療は今後伸びる領域で、買い手の関心が特に高い。在宅患者が30人以上いれば評価は大きく上がる
立地の良さ：駅近、住宅街中心部、駐車場あり、視認性のよい1階路面など。再現困難な立地は評価が高い
テナント契約の継続性：賃貸借契約の残存期間が長い、契約条件が安定している
医療機器の状態：主要機器が10年以内、デジタル化対応済み（電子カルテ・デジタルレントゲン等）
スタッフの継続性：勤続5年以上のスタッフが多い、急な離職リスクが低い
院長の引継ぎ協力：3〜12ヶ月の引継ぎ期間に協力できると、買い手の安心感が増し価格も上がる
診療圏の人口動態：高齢化が進むエリアの内科・整形外科は特に評価が高い

売却価格が下がる要因

外来患者数の減少傾向：直近3期で患者数が減り続けている場合、のれん評価が大きく下がる
院長個人の人気に依存している：「あの先生だから通っている」患者比率が高いと、引継ぎ後の患者離れリスクが価格に反映される
医療機器の老朽化：主要機器が15年以上前のもの。買い手が買収後すぐに更新投資を強いられる場合は減額要因
テナント契約の不安定性：契約期間が短い、家主から立ち退き示唆がある、賃料が高すぎる
スタッフの大量退職リスク：M&Aを機にスタッフが辞める可能性が高い場合
診療圏の人口減少：商圏の人口・世帯数が減少しているエリア
競合クリニックの増加：近隣に同じ診療科の新規開業が増えている

個人開業医と医療法人で価格算定が変わる

クリニックの運営形態によって、売却価格の算定や税務上の扱いが変わります。

個人開業医のM&A：「事業譲渡」が基本。譲渡資産（営業権・固定資産・棚卸資産など）ごとに価格を分けて算定する。営業権部分は譲渡所得（総合課税）、固定資産は分離課税となる
医療法人のM&A：「出資持分の譲渡」が基本。法人全体の価値（純資産＋のれん）を持分単価×持分数で算定する。譲渡所得（分離課税）の対象

持分あり医療法人と持分なし医療法人の違い

2007年4月以降に設立された医療法人は、原則として「持分なし医療法人」です。それ以前に設立された「持分あり医療法人」は、出資持分の譲渡で売却益が発生します。

持分なし医療法人の場合、出資持分という概念がないため、M&Aは「社員の入れ替え＋理事長交代」という形で行います。譲渡対価は「経営権譲渡対価」として支払われますが、税務上の扱いが複雑になります。

持分の有無、税制、相続税対策との兼ね合いは、税理士の領域です。M&A検討段階で必ず税理士に相談し、自分のクリニックがどの形態でどの税負担になるかを把握してから進めることをお勧めします。

訪問診療・在宅医療の評価

近年のクリニックM&Aで特に評価が上がっているのが、訪問診療・在宅医療の患者基盤です。

理由は以下のとおりです。

診療報酬が高い：在宅患者訪問診療料・在宅時医学総合管理料など、外来診療より単価が高い
固定収入が安定：月2回の訪問が基本で、毎月の売上が読みやすい
競合参入が難しい：訪問体制（医師・看護師・車両・夜間対応）の構築には時間がかかる
需要が拡大している：高齢化と国の在宅医療推進政策により、市場は拡大基調
地域包括ケアでの位置づけ：在宅医療を行うクリニックは、地域の医療連携の中核として評価される

外来のみのクリニックと、訪問診療を行っているクリニックでは、同じ年商でも売却価格が20〜40%変わることもあります。在宅医療を始めて3年以上経過し、登録患者が30人以上いるクリニックは、買い手の関心が非常に高いといえます。

京都のクリニック売却の傾向

京都市内・近郊でのクリニック売却には、地域特性があります。

洛中（中京区・下京区など）：通院利便性が高く、買い手の関心が強いエリア。テナント賃料は高いが、固定患者の安定性で評価される
洛西・洛北の住宅地：高齢化が進むエリアの内科・整形外科は、慢性疾患・在宅医療の患者基盤で高評価になる傾向
右京区・左京区の駅近：JR・阪急・京阪の駅近クリニックは買い手探しが比較的容易
宇治・亀岡などの近郊エリア：京都市内ほどの買い手数はないが、地域に競合が少ないクリニックは独占的な需要で評価される

買い手候補は京都府立医大・京都大学医学部出身の独立志向医師、関西圏の医療法人グループが中心です。京都市内は人口密度が高く、通院利便性の良いエリアが多いため、買い手は比較的見つかりやすい傾向があります。

クリニック売却価格でよくある質問

Q1. 営業利益が出ていなくても売却できますか？

営業利益が赤字でも、立地・患者基盤・医療機器の価値で売却できる場合があります。「のれん」がゼロまたはマイナスでも、時価純資産で価格がつくケースです。ただし買い手は「赤字をどう黒字化するか」のシナリオを描ける状態であることが前提なので、簡単ではありません。

Q2. 院長報酬が高すぎる場合の評価は？

個人開業医や医療法人では、院長報酬が高めに設定されているケースが多くあります。M&A評価の際は、院長報酬を「市場相場の医師年収」に修正した上で営業利益を再計算します。これを「役員報酬調整」と呼びます。実際の利益はもっと出ているケースが多く、適切な評価のために必須の手続きです。

Q3. 売却価格はどう決まりますか？相場通りの金額がもらえるのですか？

相場は目安であり、実際の価格は買い手との交渉で決まります。買い手が複数いれば価格競争で上がる場合もあれば、買い手が限定されると相場以下になることもあります。アドバイザーが入る最大のメリットは、複数の買い手候補を集めて競合させることで、適正価格に近づけることです。

Q4. 売却価格は一括で支払われますか？

原則として最終契約締結時に一括支払いです。ただし、医療法人の出資持分譲渡の場合、税負担の平準化のため複数年に分けて支払われるケースもあります。条件交渉の段階で支払い方法も決めます。

Q5. 売却価格に税金はかかりますか？

はい、譲渡形態により税率が変わります。個人開業医の事業譲渡では譲渡対象（営業権・固定資産など）ごとに所得区分が異なり、医療法人の出資持分譲渡では分離課税の譲渡所得（所有期間で税率が変わる）となります。具体的な試算は税理士の領域なので、M&A検討段階で税理士に相談することをお勧めします。

Q6. 概算でいいので、自分のクリニックがいくらで売れるか知りたい

無料相談で概算試算をお出しできます。決算書3期分・患者数・医療機器リスト・テナント契約の概要があれば、おおよその目安をお伝えできます。「売ると決めたわけではない」段階の試算でも構いません。

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まずはご相談ください

「売ると決めたわけではない」という段階でも構いません。クリニックがいくらになるのか、概算でいいので知りたい——そんな入口でも、お話をお聞きします。

京都市内・近郊のクリニックは、買い手医師の関心が高い地域です。長年積み上げてきた患者基盤・スタッフ・医療設備の価値を、適切に評価してM&Aで活かすことを検討してください。

ご相談は、代表の吾郷が直接お受けします。秘密厳守・着手金ゼロ・成約まで費用は発生しません。

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クリニックの売却相場｜価格算定方法と京都の評価ポイント