クリニックのM&A・売却｜事業承継の流れと買い手【京都】

長年クリニックを続けてきた。患者との信頼関係も、地域での評判もある。でも子どもは医師にならなかった。継ぐ人がいない。このまま閉めるしかないのか——。

結論からお伝えすると、クリニックは廃業ではなくM&A（第三者承継）で次の医師に引き継げるケースが少なくありません。長年通院してきた患者、勤続年数の長いスタッフ、医療設備、地域での認知度——廃業ではすべて失われるこれらの資産が、M&Aなら適切に評価されて引き継がれます。

本記事では、京都で小規模M&Aを支援する中小企業診断士・事業承継士が、クリニックのM&A・事業承継について、買い手候補・流れ・京都の特徴までを売却を検討する院長の視点でまとめます。

クリニックのM&A・事業承継とは

クリニックのM&Aとは、後継者不在のクリニックを、別の医師個人や医療法人に引き継ぐ手法です。事業承継の一形態で、親族や勤務医に承継する場合と区別して「第三者承継」とも呼ばれます。

近年、医師の高齢化と後継者不在は深刻化しています。日本医師会の調査でも、開業医の平均年齢は60歳を超え、子どもが医師にならなかった、なっても継承の意思がないというケースが増えています。一方で、勤務医として経験を積んだ40代〜50代の医師が独立を希望するケースも多く、需要と供給のミスマッチを埋めるのがクリニックM&Aです。

新規開業の場合、立地選定・内装・医療機器導入・スタッフ採用・集患まで含めて数千万円〜1億円以上の投資が必要です。一方、既存クリニックを引き継げば、患者基盤・設備・スタッフがそのまま手に入ります。買い手にとっては開業初日から黒字化が見込める「即戦力事業」として高く評価されるのです。

クリニックがM&Aで評価される理由

クリニックは、買い手から「引き継ぐ価値が高い事業」として評価されやすい業種です。理由は次のとおりです。

固定患者リスト（ストック顧客）：定期通院している慢性疾患患者・健診のリピーターなど、安定した来院数
保険医療機関としての指定：新規取得には地方厚生局への手続きが必要だが、承継なら継続できる
医療機器・設備：レントゲン・超音波・心電図・内視鏡など、新規購入では数千万円規模の設備
看護師・受付・医療事務スタッフ：医療事務の経験者は採用が難しく、即戦力スタッフが残ることは大きな価値
地域での認知度・口コミ評価：開業数年〜数十年で築いた信頼は買い手にとって最も再現困難な資産
立地・テナント契約：駅近・住宅街など、再現困難な立地条件
訪問診療・在宅医療の患者基盤：在宅医療は今後伸びる領域で、既存の在宅患者を持つクリニックは買い手の関心が特に高い

これらの要素は、いずれも新規開業ではゼロから積み上げる必要があります。買い手から見れば、開業初年度から黒字化できる「即戦力事業」として高く評価されます。

クリニックのM&Aで想定される買い手

独立志向の勤務医（40〜50代）：病院勤務で経験を積んだ医師が、ゼロからの開業ではなく既存クリニックを引き継いで独立するケース。最も多いパターン
医療法人グループ：複数のクリニック・病院を運営する法人がエリア拡大・多院化を目指して取得
同業他院の院長：近隣の同じ診療科の院長が分院化・規模拡大を目指して買収するケース
異業種からの参入医師：研究職・大学病院から開業医に転身する医師
承継支援を行うMS法人・コンサル系：医師個人ではなく承継支援企業が間に入り、医師を紹介する形のM&Aもある

診療科別の買い手特徴：

内科：慢性疾患・在宅医療の患者基盤が評価される。買い手も多く、最も成約しやすい
整形外科・耳鼻咽喉科：医療機器投資が大きいため、設備込みで承継するメリットが大きい
皮膚科：自費診療（美容皮膚科等）の比率により買い手層が変わる
眼科：レーシック・白内障など、特殊機器を持つクリニックは買い手が限定されるが、高評価

クリニックM&Aの流れと期間

クリニックのM&Aは、相談から成約までおおよそ6ヶ月〜1年が目安です。流れは次のとおりです。

相談・初期診断（1〜2週間）：現状ヒアリング、決算書・患者数の確認、概算売却価格の試算
売却資料の作成（2〜4週間）：ノンネームシート（匿名概要書）、企業概要書（IM）の作成
買い手探索・打診（1〜3ヶ月）：候補となる医師・医療法人へ守秘義務契約のうえ打診
面談・交渉（1〜2ヶ月）：トップ面談、条件交渉、基本合意書（LOI）の締結
デューデリジェンス（1〜2ヶ月）：買い手による財務・法務・医療設備・労務の調査
最終契約・クロージング（2〜4週間）：株式譲渡（医療法人の場合）または事業譲渡（個人開業医の場合）の契約締結
保険医療機関の承継手続き：地方厚生局への遡及指定申請（廃止届と新規指定届を同日付で行う）
引継ぎ期間（3〜12ヶ月）：旧院長が一定期間アドバイザーとして残り、患者・スタッフへの引継ぎを行う

個人開業医のM&Aでは、保険医療機関の指定が承継後にいったん廃止される（=保険診療が一時的にできなくなる）リスクがあります。これを避けるため、地方厚生局への「遡及指定」申請を計画的に進めることが重要です。経験のあるアドバイザーが必須の領域です。

個人開業医とMedical法人でM&A手法は異なる

クリニックのM&Aは、運営形態によって手法が大きく異なります。

個人開業医のM&A：「事業譲渡」が基本。資産・負債を個別に譲渡し、買い手医師が新たに開業届・保険医療機関指定を取得する。手続きは煩雑だが、譲渡対象を選択できる柔軟性がある
医療法人のM&A：「出資持分の譲渡」または「役員交代」が基本。法人格を維持したまま実質的な経営者が変わる。保険医療機関指定はそのまま継続できるメリットがある

「持分あり医療法人」と「持分なし医療法人」では税務上の扱いも変わります。詳しくは記事「クリニック売却の相場と価格算定」で解説していますが、複雑な領域なので税理士・社労士との連携が必須です。

京都でクリニックのM&Aを検討するなら

京都でクリニックのM&Aを検討する場合、買い手候補は次のような層になります。

京都府立医大・京都大学医学部出身の独立志向医師：地元志向が強く、京都市内・近郊での開業を希望する医師は多い
関西圏の医療法人グループ：大阪・滋賀・奈良の医療法人が京都進出を目指すケース
同志社・立命館エリアの内科系クリニック：学生・教職員の通院先として安定需要があるエリアは特に買い手の関心が高い
洛北・洛西の住宅地クリニック：高齢化が進むエリアの慢性疾患患者基盤は評価が高い

京都市内は人口密度が高く、通院利便性の良いエリアが多いため、クリニックM&Aの買い手は他県より見つかりやすい傾向があります。

クリニックM&Aでよくある質問

Q1. 院長が引退した後もクリニックは続きますか？

多くのケースで継続します。買い手は患者基盤と医療機器を引き継ぐことを前提に取得するため、クリニック名（屋号）を変えずに営業を続ける場合が多いです。院長は3〜12ヶ月の引継ぎ期間を経て退任するのが一般的です。

Q2. 通院中の患者には影響がありますか？

カルテ・診療履歴は引き継がれるため、通院・治療の継続性は維持されます。新院長が現院長と異なる治療方針をとる場合もあるため、引継ぎ期間中に主要患者への説明を丁寧に行うことが重要です。在宅医療の患者については特に丁寧な引継ぎが求められます。

Q3. スタッフの雇用は守られますか？

医療法人の出資持分譲渡の場合、雇用契約はそのまま引き継がれます。個人開業医の事業譲渡でも、買い手が雇用継続を前提に契約することが一般的です。譲渡条件にスタッフの雇用維持を明記することも可能です。

Q4. 売却の話はスタッフ・患者に知られますか？

成約まで原則秘密で進めます。買い手候補とは守秘義務契約を結び、クリニック名を伏せた資料（ノンネームシート）でやり取りを行います。スタッフへの開示は最終契約直前、患者への告知は引継ぎ期間中に院長から直接行うのが一般的です。

Q5. 医療法人の理事長交代だけでM&Aは成立しますか？

持分あり医療法人の場合、出資持分の譲渡＋理事長交代＋出資者社員の入れ替えが必要です。持分なし医療法人の場合は社員の入れ替え＋理事長交代で承継します。いずれも法的手続きが複雑なため、医療法人の承継経験のあるアドバイザーと弁護士・税理士のチームで進めることが重要です。

Q6. 売却益にはどれくらい税金がかかりますか？

個人開業医の事業譲渡では、譲渡対象（営業権・固定資産・棚卸資産など）ごとに所得区分が異なります。医療法人の出資持分譲渡では譲渡所得（分離課税）となり、所有期間によって税率が変わります。具体的な税額試算は税理士の領域になりますので、M&A検討段階で必ず税理士に相談することをお勧めします。

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まずはご相談ください

「売ると決めたわけではない」という段階でも構いません。クリニックがいくらになるのか、廃業と売却どちらが得なのか——そういった入口でも、お話をお聞きします。一人で抱えているより、一度ご相談いただく方が、気持ちが楽になることがあります。

京都でのクリニックM&Aの特徴：京都市内は通院利便性の良いエリアが多く、買い手医師の関心が高い地域です。廃業を選ぶ前に、長年積み上げてきた患者基盤・スタッフ・医療設備の価値をM&Aで活かすことを検討してください。

ご相談は、代表の吾郷が直接お受けします。秘密厳守・着手金ゼロ・成約まで費用は発生しません。

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